占地盖房协议无公章的合法性可依据《民法典》合同编相关规定分析。
《中华人民共和国民法典》第四百六十五条规定：“依法成立的合同，受法律保护。依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。”第四百九十条明确：“当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。”
占地盖房协议的核心是合同成立与效力。若协议无公章，但有双方签字/按指印，或虽未签字但已实际履行（如一方交付土地、另一方动工盖房且对方无异议），且内容未违反土地管理法等强制性规定，则符合《民法典》合同成立要件，受法律保护，并非违法。反之，若既无公章也无有效签名，或内容违法，则协议不成立或无效，可能涉及违法。
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占地盖房协议无公章是否违法需结合具体情况判断，并非绝对违法。
占地盖房协议无公章不一定违法。
1. 若协议双方均为自然人，且已通过签字、按手印等方式确认真实意思表示，协议内容未违反法律强制性规定（如未侵占国有/集体土地），则协议可能合法有效。
2. 若协议一方为法人或其他组织，仅由法定代表人/负责人签字但未盖公章，且签字行为属于职务行为（如代表单位处分土地权益），协议内容符合法律规定，也可能合法。
3. 若协议既无公章，也无双方有效签字/确认，或内容违反土地管理法（如非法转让农用地盖房），则协议可能无效或违法。
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占地盖房协议无公章的处理可能受以下特殊情况影响：
1. 协议一方为村集体经济组织：若占地盖房协议的出租方为村集体，仅由村委会主任签字未盖村集体公章，需看签字是否经过村民代表大会或村民会议决议。根据《村民委员会组织法》，村集体处分土地权益需经民主议定程序，若未履行该程序，即使签字也可能因无权处分导致协议无效，影响后续盖房合法性。
2. 土地存在权属争议：若协议涉及的土地存在邻里权属纠纷，即使协议有双方签字无公章，也可能因土地权属不明确，导致协议无法履行，盖房行为可能被争议方举报，面临停工或拆除风险。
3. 协议已过履行时效：若协议无公章且已签订超过10年，双方均未履行，此时主张协议效力可能因时效问题或土地政策变化（如土地被征收），导致协议无法实际履行，失去法律约束力。
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占地盖房协议无公章可能存在以下法律风险：
1. 协议效力争议风险：例如，甲（自然人）与乙（村集体企业）签订占地盖房协议，乙负责人签字但未盖公章，甲动工盖房后乙以无公章为由主张协议无效，要求甲拆除房屋。此时甲因协议无公章，需举证负责人签字为职务行为或已实际履行，若证据不足，可能面临房屋被拆、投资损失的风险。
2. 违法占地处罚风险：例如，丙与丁签订无公章的占地盖房协议，占用的土地实为基本农田，丙动工盖房后被自然资源部门查处，因协议无公章且违反土地用途管制规定，丙不仅要拆除房屋，还需缴纳罚款，丁也可能因非法转让农用地承担连带责任。

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